热带海洋学报

作者：刘文广, 张格格, 岑希彤, 何毛贤

单位：1.中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室, 广东省应用海洋生物学重点实验室, 中国科学院南海海洋研究所, 广东 广州 510301；2.中国科学院大学, 北京 100049

关键词：法螺,转录组,差异表达基因,

基金：国家自然科学基金项目(42176129); 广东省自然科学基金项目(2022A1515010779)

法螺是珊瑚礁“杀手”长棘海星为数不多的自然捕食者之一, 是珊瑚礁生态系统的重要保卫者。但是, 由于海洋环境变化、人类的过度捕捞、珊瑚礁栖息地被破坏等因素, 法螺的自然资源遭受严重破坏, 已长期处于濒临灭绝的状态。尽快开展法螺基础研究迫在眉睫, 但是该物种的基因组资源有限, 阻碍了如生物矿化等分子机制的深入研究。本研究借助于Illumina HiSeqTM2000测序平台完成了法螺两种组织(肌肉与外套膜)的高通量测序工作。测序所得原始序列经筛选、组装之后比对到NR、NT、Swissprot、KEGG、GO和InterPro数据库中获得注释结果, 并进行差异基因聚类分析。结果表明, 测序共获得109722个Unigene, 其中有46239个Unigene得到功能注释, 共获得7994个差异表达基因, 其中在法螺外套膜组织中有 3196个上调, 4798个下调。对差异表达基因(differentially expressed genes, DEG)的GO注释和KEGG富集分析显示, 高表达的DEG显著富集在典型的生物矿化相关通路中, 如糖胺聚糖生物合成硫酸软骨素通路(glycosaminoglycan biosynthesis chondroitin sulfase dermatan sulfate)、磺基转移酶活性(sulfotransferase activity)、钙离子结合(calcium ion binding)等。通过实时定量荧光聚合酶链反应(RT-qPCR)对8个与矿化相关的DEG基因的表达情况进行验证表明, 其表达趋势与转录组测序结果一致。本研究中所获得丰富的转录本和全面的转录组信息, 增加了法螺基因信息的同时, 还为法螺矿化机制的解析提供了一定的数据支持。

来源：2023年第4期

《热带海洋学报》期刊编辑部

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